大きさ
どちらもガラス面の下から原稿に光を当て、その反射光をセンサーで読み取るという構成は共通です。
CCDは、反射光をミラーに反射・集約させ、数枚のレンズを介してセンサーで読み取ります。そのため、内部の装置が大きくなり本体も大きくなります。
CISはミラーは必要なく、反射光がそのままレンズやセンサーに届くため、装置が小さくでき本体も小さくなります。
画質
平面の原稿を読み取る場合は、どちらもほとんど変わりません。
しかし、厚みのある本の内側など凹凸がある原稿では違いが出ます。
CCDは文字をはっきりと読み取れますが、CISでは読み取れません。これは、CCD方式は、ある程度原稿が浮いていてもピントが合う構造になっているからです。
設置面積が限られている場合は、省スペースなCIS。凹凸のある原稿を頻繁に読み取りするなら、CCDを選ぶとよいでしょう。
CCD
読み取り時間が比較的早い
CIS(コンタクト・イメージ・センサ)
パソコンのUSB端子から電源を取れるためACアダプターが不要
ウォームアップ時間が不要